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產品介紹

轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有mRNA。轉錄組測序能夠從整體水平研究基因表達量以及基因結構,揭示特定生物學過程中的分子機理;目前已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷、藥物研發和分子育種等領域。

結果展示

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STRING收錄多個物種預測的和實驗驗證的蛋白質-蛋白質互作的數據庫,包括直接的物理互作和間接的功能相關。結合差異表達分析結果和數據庫收錄的互作關系對,構建差異表達基因互作網絡。

常見問題

Q1. 在轉錄組的三個重復測序中,不是所有基因的的可變剪接都會出現3次,有的出現1次或2次,這種情況如何判定該基因是否存在相應的剪接方式?

答︰針對每個樣品,同一個基因的不同轉錄本會存在可變剪接,我們只是根據測序的實際數據對可變剪接進行預測,而不是進行驗證;如果要判斷是否存在相應的剪接方式,需要實驗去驗證。重復實驗存在一定的差異,會導致可變剪接的不同。

Q2. 轉錄組結果與基因組比對後,沒有相應的注釋結果,我們認為是New genes。但是,在NCBI注釋後,有些基因的注釋結果顯示是參考基因組物種,這種基因還能算是new genes嗎?

答︰我們分析流程中是將測序的Reads比對到參考基因組,然後進行拼接,其中一些reads比對到基因間區並且能拼接出完整的開放閱讀框,拼接出來的位于基因間區的這些基因即為新基因。預測得到的新基因才會進行功能注釋,所以注釋結果與新基因的判斷沒有關系。

Q3︰生物學重復樣品中某個樣品與其他相關性不太好該怎麼處理?會不會影響文章發表?

答︰為了確保分析結果的準確性,老師通常會設置3個生物學重復,這樣就可能出現生物學重復中某個樣品相關性不好的情況,影響後續差異分析結果的準確性。通常可將該處理組中相關性不好的樣品剔除,再進行差異分析。後期可通過RT-qPCR等試驗手段彌補生物學重復的不足,不會影響文章的發表。

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